Trên cơ sở kết quả điều tra, xác định tại thực địa đã xác định các kiểu thảm thực vật rừng của Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé như sau:

Bảng 01: Phân loại thảm thực vật trong khu dự trữ

Từ bảng trên có thể thấy Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé có 2 kiểu thảm thực vật là kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới và kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới núi thấp. Trong đó:

- Kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới phân bố ở độ cao < 700 m so với mặt nước biển, có diện tích 1.655,39 ha, chiếm 3,54% diện tích của Khu dự trữ, gồm các kiểu phụ sau:

+ Kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới trên núi đất có diện tích là 1.563,55 ha chiếm 3,35% diện tích khu dự trữ. Các trạng thái rừng chủ yếu là rừng thứ sinh phục hồi sau nương rẫy, lửa rừng và sau khai thác điển hình như: TXB, TXN, TXK và TXP. Do phân bố ở độ cao thấp cùng địa hình không quá phức tạp, gần nơi sinh sống của nguời dân do vậy lớp thảm thực vật đặc trưng cho đai rừng này hầu hết đã bị tác động mạnh, một số ít các loài cây gỗ quý có đường kính lớn hiện chỉ còn thấy rất ít, xuất hiện rải rác, phần lớn là các cây cong queo sâu bệnh kém phẩm chất. Cấu trúc rừng đã bị xáo trộn nhiều, chiều cao cây rừng từ 10 - 15 m, đường kính trung bình 15 cm, cá biệt còn một số cây có đường kính 50 - 60 cm có phẩm chất xấu, tầng vượt tán không liên tục. Thành phần thực vật chủ yếu là các loài như: Kháo, Hoắc quang, Ràng ràng xanh, Thành ngạnh, Thẩu tấu, Vối thuốc và các loài Dẻ.

+ Kiểu trảng cỏ cây bụi nhiệt đới trên núi đất có diện tích là 91,84 ha chiếm 0,2% diện tích. Hình thành sau nương rẫy kiệt, lửa rừng và chăn thả động vật. Các ưu hợp chính hợp Cỏ tranh, Cỏ rác, Cỏ lá tre, Cỏ cứt lợn; cây bụi gai phân bố gần khu dân cư, giáp với ranh giới Khu dự trữ. Trạng thái có ưu hợp này phân bố được xác định thuộc nhóm đất không có cây gỗ tái sinh (DT1), đất có cây gỗ tái sinh (DT2). Thực vật thân gỗ trong ưu hợp này có các loài Lá nến, Ba soi, Hu đay, Màng tang.

- Kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới núi thấp phân bố ở độ cao > 700 m so với mặt nước biển có diện tích 44.917,58 ha, phân bố rộng khắp và chiếm phần lớn diện tích của Khu dự trữ (96,12%), gồm có các kiểu phụ sau:

+ Rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới trên núi đất có diện tích 34.512,22 ha, chiếm 73,85% diện tích khu dự trữ. Phân bố ở độ cao từ 700 m đến 1.700 m. Trong kiểu rừng này có đủ các trạng thái rừng nhưng phổ biến nhất là trạng thái TXB, TXN; trạng thái TXB, TXN có độ khép tán trung bình 0,5 - 0,8 m; chiều cao phổ biến 15 - 20 m; đường kính cây trung bình 20 - 25 cm; đường kính, chiều cao cây có sự phân ly cao theo chiều tăng từ TXN lên TXB; ở trạng thái rừng TXB đã xuất hiện tầng thảm mục bán phân giải dày, ở nơi bằng có chỗ dày đến 20 cm. Quần xã thực vật điển hình ở loại rừng này chủ yếu là các loài cây trong các họ Ngọc lan, Chè, Long Não, Dẻ, Cáng lò, Ngũ gia bì,... Cấu trúc tầng tán của trạng thái rừng TXB, TXN gồm có 04 tầng (02 tầng cây gỗ và tầng cây bụi, thảm tươi):

Tầng A1:tầng A1 gồm một số loài cây cao, to như: Cáng lò, Gội trắng, Kháo, Mò trắng, Dẻ gai đỏ, Giổi, Dẻ cau, Sồi, Xoan nhừ, Hà nu, Tô hạp, Trám,... Tầng A1 có độ cao không đều, cao trung bình 15 - 20m, đường kính phổ biến 30-35 cm, có những cá thể cá biệt (của các loài  Gội, Giổi, Tô hạp, hay Cáng lò,... ) có đường kính lên tới 60-70 cm nhưng thường bị bệnh.

Tầng A2: tầng A2 có độ khép tán cao hơn, có chiều cao trung bình 10 - 15m. Các loài cây chính rất đa dạng như: Tô hạp, Vối thuốc, các loài Dẻ, các loài Giổi, Re bầu, Đinh, Đỏm lông, Chẹo tía, Trâm, Trường sâng, Vải guốc, các loài Kháo, Thanh thất núi cao, Côm trâu, Côm lào, Côm lá kèm,... lác đác có Vầu, Nứa tép,... Trong tầng A2 cũng có nhiều cây có đường kính ở vị trí 1,3 m lên tới 40 cm nhưng thường thấp về chiều cao. Lẫn trong tầng cây lớn của kiểu rừng này còn có mặt một số loài cây lá kim nhưng không nhiều như: Thông tre, Thông nàng, Kim giao.

Tầng cây bụi:chủ yếu gồm Lấu, Cọc rào, Hoắc quang, Găng, Việt quất, Găng gai, Đỗ quyên,....

Tầng thảm tươi: cónhiều loài cây như: Riềng ấm, Sa nhân, Ráy dại, Lá han, Quyết lá xẻ, Dương xỉ thường, Rau dớn, Cẩu tích, Cốt toái bổ, Cao cẳng, Cỏ lá tre, Cỏ lào, Bọt ếch trơn, Bỏng nổ,... Đáng chú ý trong tầng thảm tươi có nhiều loài cây thuốc quý nhưng số lượng ít: Sâm nam, Sa nhân, Bảy lá một hoa, Ngọc trúc, Hoàng đằng,...

Các loại dây leo:chủ yếu gồm Dây đất na, Dất mèo, Móc hùm, Móc diều, Dây cao su, Dây vỏ quạch, Dây nho rừng, Dây đau xương, Dây hoàng đằng, Dây thèm bép, Ngũ gia bì, Cẩm cang, Khúc khắc, Chạc chìu, Bìm bìm,... và các loài Phong lan.

+ Kiểu trảng cỏ cây bụi á nhiệt đới trên núi đất có diện tích là 10.392,78 ha chiếm 22,24% diện tích khu dự trữ. Nguồn gốc là hình thành sau nương rẫy kiệt, lửa rừng và chăn thả động vật. Các ưu hợp chính hợp Cỏ tranh, Cỏ rác, Cỏ lá tre, Cỏ cứt lợn, cây bụi gai phân bố khá rộng và thường ở đỉnh các núi cao sát với Lào và chạy dọc theo các đường dông núi gồm các loài Me rừng, Bồ cu vẽ, Lấu, Găng thạch, Bỏng nổ, Mua,... Đất đai khô, thiếu nước, xấu và chặt cứng, nhiều gió, thường xuyên bị lửa rừng và chăn thả động vật tàn phá. Thực vật thân gỗ trong ưu hợp này có các loài Lá nến, Ba soi, Ba bét, Hu đay, Hoắc quang tía, Màng tang, Me rừng, Thành ngạnh,...

+ Kiểu trảng cỏ cây bụi á nhiệt đới trên núi đá vôi xương xẩu: Kiểu phụ này tồn tại rải rác trên các dãy núi đá trong khu vực và chiếm diện tích nhỏ. Do sống trên đất xương xẩu núi đá vôi nên khả năng cây gỗ tái sinh và phát triển thành rừng ở những diện tích này là rất thấp. Một số loài chính như: Trác trác ngũ giác, Quỳnh lãm,...

- Quần xã thực vật thuỷ sinh: gồm các loài thực vật phân bố trong các sông, suối khắp trong rừng đặc dụng. Các quần xã sống chìm gồm Rong tóc tiên; Rong mái chèo. Các quần xã gồm các loài có thân, rễ chìm trong bùn và nước, lá nổi trên mặt nước hoặc ngang mặt nước gồm Rau ngổ trâu, Từ cô,...

Căn cứ kết quả điều tra, xác định tại thực tếđã xác định được hệ thực vật tại khu rừng của Ban quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé có 976 loài thực vật bậc cao có mạch thuộc 606 chi, 172 họ trong 5 ngành. Sự phân bố của các taxon hệ thực vật như sau

Bảng 02: Số họ, chi, loài của hệ thực vật rừng Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé

Cho thấy hệ thực vật tại tại khu rừng của Ban quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé khá đa dạng. Trong đó, tỷ trọng của các ngành tập trung chủ yếu vào ngành Ngọc lan, đây là ngành đa dạng nhất với tổng số 901 loài, 563 chi của 145 họ. Ngành Dương xỉ đứng thứ 2 với 64 loài, 35 chi 21 họ. Ngành Thông, Thông đất và Cỏ tháp bút có số họ, chi loài ít nhất.

Các họ đa dạng nhất tại khu rừng của Ban quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé như sau:

Bảng 03: Các họ đa dạng nhất trong hệ thực vật tại khu rừng của Ban quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé

Cho thấyhệ thực vật tại khu rừng của Ban quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Mường Nhé đa dạng về họ, họ có nhiều chi và nhiều loài nhất là họ Đậu (59 loài, 37 chi); Thầu dầu (46 loài, 28 chi); Hòa thảo (42 loài, 34 chi); Cúc (39 loài, 28 chi); Cà phê (38 loài, 24 chi); Dâu tằm (34 loài, 7 chi); Lan (31 loài, 24 chi)... Cả 10 họ thống kê trong bảng 09 cũng đều là những họ có nhiều loài, đặc trưng cho khu vực nhiệt đới Châu Á. Tổng tỷ lệ % số loài và chi của 10 họ đa dạng nhất lần lượt là 36,07% và 33,99% như vậy theo cách đánh giá của Tolmachop A.L (1974) thì tổng tỷ lệ này đều nhỏ hơn 50.

Từ kết quả khảo sát, điều tra và kế thừa các tài liệu liên quan cho thấy Khu bảo tồn thiên nhiên Mường Nhé có nhiều loài động, thực vật, côn trùng quý hiếm, có giá trị với 976 loài thực vật bậc cao có mạch thuộc 606 chi, 172 họ (trong đó có 128 loài quý hiếm); 720 loài lâm sản ngoài gỗ là thực vật bậc cao có mạch, thuộc 481 chi, 150 họ trong 5 ngành (trong đó có 69 loài đặc hữu, quý, hiếm);

          Biểu 4: DANH MỤC CÁC LOÀI THỰC VẬT RỪNG NGUY CẤP, QUÝ, HIẾM